Медичний інститут і Факультет фізичного виховання та спорту створені в ЧНУ ім. Петра Могили порівняно нещодавно, однак це не завадило їм стати доволі популярними серед абітурієнтів. Обидва підрозділи університету були створені у 2016 році та почали свою роботу 1 вересня того ж року.
20 травня 2016 року МОН схвалив ліцензію на підготовку лікарів. А вже у 2017 році до Могилянки вступили студенти-іноземці, які обрали саме Медичний інститут. Медицина – одна з найпрестижніших галузей ще з давен. Бути лікарем важче, ніж здається, хоча дуже цікаво та шляхетно. Лікар – це гордість та відповідальність. Саме тому стати ним може не кожний, адже це має бути дійсно покликання. Лише ті, хто щиро бажає допомагати людям, вміє співчувати та готовий до труднощів, зможе стати Лікарем з великої літери.
Медичний інститут у Могилянці здійснює підготовку за напрямами «Медицина», «Екологія» та «Психологія». На базі підрозділу університету діє «Школа юного еколога» для учнів 9-11 класів. Ця організація дозволяє школярам безкоштовно ознайомлюватись з інтерактивними лекціями з 11 тем, що допомагає сформувати екологічну свідомість та культуру молоді, підвищити екологічну відповідальність, привернути увагу до екологічних проблем Миколаєва та шляхів їх вирішення, а також виховати дбайливе ставлення до навколишнього середовища та ресурсів.
Також Медичний інститут ЧНУ ім. Петра Могили активно співпрацює з міжнародними програмами. Так, 1 вересня 2018 року стартував трьохрічний Проект Програми ЕРАЗМУС+ Жана Моне Модуль «Кращі Європейські практики з водної безпеки задля досягнення цілей сталого розвитку», який діє з метою удосконалення професійної підготовки майбутніх фахівців в галузі екології.
1 вересня 2016 року почав функціонувати й Факультет фізичного виховання та спорту, який готує тренерів з обраного виду спорту та вчителів фізичної культури. Це фахівці, підготовлені до професійної діяльності у сфері фізичного виховання та спорту, державного управління спортивно-оздоровчими закладами.
На базі факультету діють спортивні секції різних видів спорту, до яких залучають й студентів інших спеціальностей. Таким чином команди та студенти університету посідають призові місця на змаганнях у Миколаєві, області та, навіть, на Всеукраїнському та Європейському рівнях. Крім того, цього року студенти Могилянки увійшли до збірної України на Чемпіонаті Європи з єдиноборств серед студентів.
